Het St. Annahofje (ook wel Aalmoeshuis genaamd) is gebouwd op verlangen van Willem Claesz., een rijke brouwer. In 1487 kocht hij een complex woningen aan de Hooigracht. Hij overleed in 1491, waarna zijn drie kinderen het hofje realiseerden. Met name de bouw van de kapel was een doorn in het oog van het kapittel van St. Pancras, die de pastoorsfunctie van de nabijgelegen Hooglandse Kerk uitoefenden. Pas in 1507 werd na bemiddeling van hoge geestelijken van het bisdom Utrecht een overeenkomst gesloten. Zo werd verboden doden in het kapelletje te begraven en alleen de hofjes bewoonsters (dertien vrouwen) mochten er naar de mis gaan.

Het hofje is in de loop der eeuwen enkele malen ingrijpend gerestaureerd. Aan het eind van de binnenplaats is de kapel te zien, een van de heel weinige bedehuizen die de Beeldenstorm en Hervorming overleefd hebben. De inrichting is nog vrijwel helemaal ongeschonden aanwezig.

Het Sint Anna Aalmoeshuis is een van de oudste hofjes van Leiden. Het werd gesticht in 1492 voor ‘dertien arme vroukens van guede faem ende naem’. Uniek is de kleine kapel voor de bewoners – de enige die nog bewaard is gebleven in een Leids hofje – die in 1509 gewijd werd. De kapel heeft een bijzondere en rijke inventaris en de vensters bevatten het oudste gebrandschilderd glas van Nederland. Mogelijk heeft de verborgen ligging de kapel in 1566 behoed voor de beeldenstormers. Een groot deel van de middeleeuwse inventaris bleef ongeschonden.